Nee, dat mag niet.

Je Commander zit wel degelijk in je deck. Hij zit tijdens het spelen alleen niet in je library (deck is niet helemaal hetzelfde als library).
Vlak voordat je begint, haal je je Commander uit je deck en stop je die in de command zone.

Vergelijkbaar mag je ook NIET twee dezelfde kaarten in je deck hebben zitten, waarbij 1 je Commander is en de andere niet.

Ook even de relevante regels:

CR 903.5. Each Commander deck is subject to the following deck construction rules.

903.5a Each deck must contain exactly 100 cards, including its commander. In other words, the minimum deck size and the maximum deck size are both 100.

903.5b Other than basic lands, each card in a Commander deck must have a different English name.

Oke duidelijk dus hij zit wel in je deck.
Dank u