Nee, de speler die Liliana cast heeft direct daarna prioriteit, en kan deze gebruiken om een ability te gebruiken. De loyalty gaat er direct af/bij als deel van de cost. Je kan dan reageren, maar de ability ligt al op de stack, en de loyalty is al geupdate.

Jouw tegenstander speelt de planeswalker en krijgt zodra deze geresolved is als eerste prioriteit. Dit moment kan hij/zij gebruiken om een van Liliana haar abilities te activeren, waarbij het aanpassen van de loyalty de cost van de ability is. Voordat de ability resolved, krijgen jullie allebei weer priority om dingen te doen. Echter, omdat het plaatsen van de counter de cost van de ability is, ligt deze counter er al op voordat jij je Lightning Bolt op haar schieten kunt.
Omdat de ability wel de stack gebruikt, kun je de bolt (als dit bijvoorbeeld je laatste kaart op hand is) nog wel afschieten voordat je hem moet discarden aan haar ability.

De enige manier om de ability te voorkomen was een counterspel, of niet?

Of een kaart als Stifle of Trickbind. Daarmee counter je niet de cost (dat er een counter opgelegd wordt) maar wel de ability. Enige andere manier om het te stoppen is de Walker te counteren op het moment dat hij op de stack ligt.

of als er een kaart in het spel ligt die zegt: whenever a permanent comes into play. Die trigger gaat dan eerst op de stack en dan kan je bolt casten op Liliana

Dat is inderdaad spelregeltechnisch een leuk trucje... Je tegenstander krijgt dan nog steeds als eerste priority (altijd nadat iets ge-resolved is, krijgt de actieve speler als eerste weer priority), alleen ligt er wat op de stack (de genoemde ETB-trigger), dus mag hij alleen instant-speed dingen spelen en geen sorcery-speed dingen. Vervolgens passt hij priority en kun jij de planeswalker bolten.